1952—1954年，按绥远省人民政府《实施国家工作人员公费医疗预防试行办法》执行。1954年蒙绥合并，内蒙古自治区人民政府制定《公费医疗预防暂行办法》。同年12月，呼市颁发《实施公费医疗预防暂行办法》。此办法规定，享受公费医疗待遇的范围为各级人民政府、党派、团体的在编人员；各级经济建设，包括工、农、牧、林、水、交通、文化、教育、卫生、体育、气象等行政、事业单位的在编人员；1953年6月以前在政府备案的民办证规小学的教职员工；受长期抚恤的二等乙级以上在乡或在荣校的全体革命残废军人；高等学校或相当于大学的专科学校学生。不属于公费医疗范围的工矿、企业，征得公费医疗管理委员会同意，按月交付医药费，亦可发放医疗证件，享受公费医疗待遇。1959年，郊区公费医疗下放卫生科管理。1962年以后，鉴于公费医疗连年超支，遂对公费就诊医院和公费药品逐步加以限制。1963年撤销集体医疗机构公费医疗合同。

1965年10月23日，自治区卫生厅、财政厅转发卫生部、财政部规定的第一批自费营养滋补药品名单。1965年12月25日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站人民委员会规定，从1966年1月1日起，挂号费及单方营养滋补药品费用均由个人支付。1974年，卫生部、财政部下达《关于检发“享受公费医疗人员自费药品范围”（试行）的联合通知》后，内蒙古革命委员会于1975年颁发《国家工作人员公费医疗管理试行办法》和《享受公费医疗人员自费药品范围（试行）的规定》，并决定对转院治疗实行划片负责，呼和浩特地区患者限转医学院附属医院。1977年，卫生部、财政部、国家劳动总局下发《享受公费医疗、劳保医疗人员自费药品范围的规定》，自费中、西药品为58种。1980年，市人民政府转发市公费医疗管理委员会《关于做好公费医疗管理工作的意见》，规定未经批准的自购药品一律不得报销；出差、探亲等在外地临时就诊者，报销单据不得超过2元（仅限国家医疗机构），超过者需附就诊医院诊断书，为照顾中学教员，每人每年按6元下拨，由学校卫生所（室）掌握使用。

1981年，回民区、新城区、玉泉区的公费医疗分别下放各区卫生科管理。1983年，自治区财政厅、卫生厅联合下达《关于重申和补充滋补营养饮料和保健类药品不准在公费医疗中报销的通知》，自费中、西药品达197种。同年，市政府批转市公费医疗管理委员会《关于改革公费医疗管理工作的报告》，决定从当年6月16日开始，按每人每年45元由单位或系统承包，节余留用，超支不补，不得随工资发给本人；对伤残人员、二等乙级以上革命残废军人、离退休干部继续由公费医疗管理委员会负责，凭医疗证就诊，其他人员的医疗证一律作废。此项改革实行后，各单位均承担管理责任，费用超支明显减少。为完善改革办法，同年10月20日，市长办公会议决定实行由单位或系统承包门诊医药费，由公费医疗管理委员会负责住院的办法，每人每年54元，其中60％由单位掌握，用于门诊医药费；40％由公费医疗管理委员会统管，主要用于住院、疗养和家庭病床；伤残人员、二等乙级以上革命残废军人、离退休干部、退居二线的老干部以及市委、市政府、市人大、市政协的现职领导，由公费医疗管理委员会发放医疗证，到指定医院就诊，其费用由公费医疗管理委员会负责，此办法一直延续到1985年。