明太祖洪武元年（1368年），朱元璋称帝，国号明。明王朝的地方区划为：布政使（省级）、府（知府）和直隶州（知州）、县（县长或知县）和州（知州）三级制；置都指挥使司（为省级掌兵的最高机关，简称都司）、卫所（在要害地方屯驻军队，数府或五千六百人划为卫，下设千户所）军队建制。

明太祖洪武元年（1368年），元顺帝北走塞外仍称元，到明惠帝建文四年（1402 年），去国号，这一段史称“北元”，内蒙古北部一些地区仍由蒙古各部控制；北元去国号后，汉文史籍中改称“鞑靼”，最高统治者为“汗”。从明英宗“正统后鞑靼牧地渐次南展，嘉靖以后遂以长城一线与鞑靼及朵颜三卫为界”。到明神宗万历十年（1582年）时，今中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站区域几乎全部在“鞑靼”各部草原游牧政权统辖之内（参考《白话二十四史》精华本第八卷926页“明长城地图”，光明日报出版社）。这就决定了明朝时期在今中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站境内的军政建制，基本上是军制为主，军政兼一的制度。主要有：

开平府卫。明洪武二年（1369年），改元上都置开平府，后改开平卫。治所在今正蓝旗上都音高勒苏木。辖区今锡林郭勒盟南部地区。隶属北平都司；

东胜州卫。明洪武三年（1370年）置州，翌年（1371年）改卫。治所在今托克托县城关镇大皇城。洪武二十五年（1392年）分东胜卫为左、右、中、前、后五卫，次年撤去中、前、后三卫。永乐元年（1403年），卫迁城废。正统三年（1438年），复置东胜卫，不久即废。隶属山西行都司；

丰州、云内州。明洪武三年（1370年）置。丰州治所在今呼和浩特市郊区太平庄乡白塔村；云内州治所在今土默特左旗东南（宣德元年、公元1426年，改云内州为云内县，隶属丰州。1450年州县均废）。隶属山西行都司；

官山卫。明洪武八年（1375年），改官山等千户所为卫。治所在今卓资县境。隶属山西行都司；

大宁府卫。明洪武十三年（1380年），改置大宁府，后废。洪武二十年（1387年），置大宁卫、大宁都指挥使司，治所在今宁城县。辖区相当今河北长城以北、西拉木伦河以南地区。次年（1388年），改称北平行都司，并分大宁为左、中、右三卫，不久又增设大宁前、后二卫和新城卫。辖区包括相当今赤峰市南部地区。（永乐元年、1403年复名大宁都司，侨治保定府，今河北省保定市，所领卫所废）。

全宁卫。明洪武二十一年（1388年）改置。治所在今翁牛特旗境。安置归附的蒙古知院揑怯来部众。并任命揑怯来为卫指挥使（明成祖永乐元年、1403年内迁城废）。

朵颜三卫（习惯称兀良哈三卫）。明洪武二十二年（1389年），元王朝灭亡后，蒙古分裂为鞑靼、瓦刺、兀良哈三部。明王朝设泰宁、朵颜、福佘三卫指挥使司。当时三卫地在今西拉木伦河以北至嫩江下游的大兴安岭东侧一带。初隶于大宁都指挥使司，后改隶于奴儿干都指挥使司。明英宗正统元年至十四年（1436～1449年）以后，朵颜三卫南迁进入大宁地区（今赤峰市和哲里木盟南部地区，后为蒙古诸部所并）。

坚河卫等卫所。明成祖永乐元年至宣德八年（1403～1433年），明王朝先后设置坚河卫（今额尔古纳市和根河市）、海剌儿千户所（今海拉尔市、鄂温克族自治旗）、呕罕河卫（今倭肯河流域）、哈拉哈所（今哈拉哈河一带）、只儿蛮卫（海拉尔河流域）、阿伦卫（今阿荣旗境）、阮里河卫（今扎兰屯市境）、哈剌孩卫（今新巴尔虎左旗境）、哈刺哈所（今阿尔山市境）、木塔里山卫（今科尔沁右翼前旗、乌兰浩特市境）。以上卫所辖区相当今呼伦贝尔盟和兴安盟大部地区。均隶属奴儿干都司。

云川卫等卫所。明英宗正统十四年（1449年）前，设置云川卫（治所单于城，今和林格尔县境）、五花所（今达拉特旗、准格尔旗境）等。隶属山西行都司。

蒙古达延汗政权体制。明英宗正统十四年（1449年）八月，“土木之变”即蒙古瓦剌部首领也先在土木堡（今河北省怀来县境内）大败明军，俘英宗皇帝。之后，也先带着英宗皇帝在九十九泉（今察哈尔右翼后旗境）、黑河（今呼和浩特地区）、断头山（今卓资县卓子山）、小黄河（今四子王旗希拉莫日河）一带游牧。翌年（1450年），明王朝与蒙古达成和议，也先送明英宗归朝。明代宗景泰四年（1453年），也先即大汗位，称“大元田盛（天圣）”大可汗，建年号“添元”。明王朝称“瓦剌可汗”。明宪宗成化年间（1465～1487年）以后，毛里孩、孛勒忽济农（达延汗之父）、满都鲁汗等相继进入河套定居。（后来成为鄂尔多斯部驻地，史籍记载“袄儿都司”；）。明成化十五年（1479年），巴图孟克即汗位，称达延汗。经东征西讨，使分裂的蒙古重新统一。明武宗正德五年（1510年），蒙古达延汗对统一的蒙古诸部，实行了左、右两翼六万户的政治体制。达延汗分封其诸子为各部世袭首领。右翼鄂尔多斯万户（相当今伊克昭盟一带）、土默特万户（相当今呼和浩特市一带）、永谢布万户（相当今锡林郭勒盟南部及张家口以北地区）；左翼察哈尔、喀尔喀、乌梁海三万户以及科尔沁万户。这是一种“具有军事、行政、生产三方面职能”的 “封建制度”。

阿拉坦汗顺义王政权。明嘉靖十年（1531年），蒙古右翼土默特部万户首领阿拉坦汗（俺答汗，达延汗之孙）12土默特，称雄右翼诸部。嘉靖十一年至二十一年（1532～1542年）间，俺答随蒙古大汗、济农“东征西战，屡建功勋”。嘉靖十七年（1538年），蒙古大汗博迪阿拉克汗封俺答为索多汗号。这是阿拉坦汗称汗之始。嘉靖二十六年（1547年），察哈尔部被迫东迁之后，其牧地为阿拉坦汗政权所占据，阿拉坦汗成为蒙古右翼三万户“实际上的盟主”，其所辖区域不断扩大。明隆庆五年（1571年），阿拉坦汗与明王朝达成“隆庆和议”。阿拉坦汗至大同得胜堡，受明王朝封顺义王。明王朝并任命阿拉坦汗属下65员为都督同知、指挥使、指挥同知、指挥佥事、千户和百户等官职。翌年（1572年），阿拉坦汗兴建库库和屯。明神宗万历三年（1575年），明王朝应阿拉坦汗之请，赐建成的库库和屯名为“归化”（今呼和浩特市旧城），成为漠南地区的政治、经济、文化中心。

林丹汗政教合一政权。明嘉靖二十六年（1547年）之后，察哈尔部因受阿拉坦汗政权的威胁，深恐被兼并，察哈尔部达赉逊库登汗率部东迁到西拉木伦河流域，兼并了泰宁、福佘二卫。明万历三十二年（1604年），漠南蒙古左翼察哈部首领林丹汗即位。林丹汗接受黄教沙尔巴呼图克图活佛的灌顶戒教，称林丹呼图克图汗，成为政教合一体制。林丹汗继承祖先达延汗的业绩，为维护蒙古的统一，先抗明王朝发兵取义州城，后联明抗清，征讨附清的科尔沁、喀尔喀诸部，西征河套、鄂尔多斯，征服喀喇沁、土默特等部。所辖区域曾达到东起辽东，西至甘肃的广大地区（包括相当今中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站区域）。在其统治下有“八大营二十四部”。明崇祯七年（1634年），林丹汗抵抗后金失败而死，蒙古汗统遂绝。

后金太祖“八旗建制”。明神宗万历十一年（1583年），明建州左卫指挥使爱新觉罗·努尔哈赤起兵，统一建州诸部。明万历二十九年（1601年），努尔哈赤在实行“牛录制”的基础上，初建黄、白、红、蓝四旗。明神宗万历四十三年（1615年），增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗，并称前四旗为正黄、正白、正红、正蓝旗，合称八旗。每旗（满语称旗为“固山”）下辖五参领（满语称参领为“甲喇”），每参领辖五佐领（满语称佐领为“牛录”）。满族成年人被分编入各佐领（每佐领开始为300人），平时生产，战时出征。明万历四十四年、后金太祖天命元年（1616年）正月，努尔哈赤称汗，建元天命，国号金，史称后金。以“八旗满洲”为主，与“八旗蒙古”、“八旗汉军”共构成清代八旗军的整体（清初八旗制度兼有军事、行政、生产三个方面的职能）。