内蒙古境内“县制”起于战国，“旗制”始于清朝。中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站在中华人民共和国成立以后，在依法推行民族区域自治制度的历程中，旗与县是一级行政区域建制单位，是重点改革和建设的一级基础政权单位。废除了封建王公贵族统治，建立了社会主义的民主政治制度。调整解决了历史遗留的“旗县并存”制；对区内其他少数民族聚居地区建立民族自治旗；根据民主革命和社会主义建设发展及国防建设的需要，特别是改革开放以来经济开发建设的需要，撤销、合并、新建了一些旗县，更改了一些旗县的名称和隶属关系。

一、调整“旗县并存”制

1950年2月25日，撤销达拉特旗战时组训处，建立达拉特旗人民政府。10月21日，撤销桃力民中心区（县级），将其区域分别划归杭锦旗、鄂托克旗。

1952年7月16日，撤销乌兰察布盟直属乌兰花区（1950年从武川县一区划出为盟直辖区），其区域并入四子王旗。10月3日，绥远省人民政府发出《贯彻执行“承认历史，照顾现实，解决问题，达到团结的方针”的通知》，要求尽快解决“旗县并存”“一地两治”的历史遗留问题。10月21日，撤销伊克昭盟通格朗区和达尔扈特区（县级），将两个区的区域划归札萨克旗。1953年9月28日，绥远省人民政府命令，将伊克昭盟的杭锦旗、达拉特旗在河套地区（黄河以北）的区乡政权撤销，其区域与当地县行政区划合并，重新统一划定。撤销米仓县，设置杭锦后旗（三道桥）；将宴江县改建为达拉特后旗（塔尔湖）。

1953年5月14日，中共中央蒙绥分局会议讨论解决土默特旗和绥东四旗的“旗县并存”问题。1954年2月11日，绥远省人民政府发出《关于结束绥中地区旗县并存的实施方案》的命令。决定撤销归绥县建制，依原归绥县所辖地区为基础，将其邻近各县毗连的纯牧村和蒙古族聚居占多数的沙尔沁、塔布子等12个村庄划入，为土默特旗的行政区域；原属土默特旗管辖的召河区划归达尔罕茂明安联合旗，磴口乡划归石拐沟矿区，其余分布在归绥市、包头市和托克托、和林格尔、清水河、萨拉齐、凉城、武川、武东各县和四子王旗的村庄，分别划归各该市、旗、县人民政府管辖。

1954年3月5日，内蒙古自治区人民政府、绥远省人民政府《关于绥远、内蒙古合并，撤销绥远省建制，统一由内蒙古自治区人民政府领导的命令》中指出，结束绥东“旗县并存”，撤销陶林县和东四旗建制，改划为三个旗：划陶林东部与集宁东北部为察哈尔右翼后旗（即原正红旗）；划陶林西南部与卓资县北部为察哈尔右翼中旗（即原镶蓝镶红联合旗）；以原正黄旗为基础适当调整，改为察哈尔右翼前旗。察哈尔右翼三旗和土默特旗归平地泉行政区人民政府管辖。同年3月19日，内蒙古自治区人民政府发出《关于结束绥东旗县并存划界方案》的命令，对察哈尔右翼三旗与临近各县的具体划界作出规定（详见第十三章乌兰察布盟）。

1956年3月9日，撤销昭乌达盟的乌丹县，其区域并入翁牛特旗（乌丹）。同年9月11日，撤销宝昌县，其区域分别划归太仆寺旗、正蓝旗、正镶白旗。

1958年4月2日，撤销狼山县，其区域并入杭锦后旗（陕坝镇）；撤销安北县，其区域并入乌拉特前旗（旗人民委员会由扒子补隆移驻西山咀）；撤销萨拉齐县，其区域的西部（包括杨圪楞、鄂尔圪逊、沙尔沁、大巴拉盖4个乡）划归包头市，其余乡镇划归土默特旗（旗人民委员会移驻萨拉齐镇）；撤销武东县，其区域的北部（后哈卜泉、乌兔沟、库联图、二元井、活佛滩、忽鸡图、英兔7个乡）划归四子王旗，东部（蒙古寺、上西河子、大滩、大井、广益隆、麻迷兔、头号、阳坡子、义合隆9个乡）划归察哈尔右翼中旗，南部（吉庆营、东河子、大同营子、旗下营、红召、巨宝庄、福兴、速力图8个乡）划归卓资县，西部（厂汉此老、高家沟、西河子、东梁府4个乡）划归武川县。从此，结束了历史遗留的“旗县并存”、“一地两治”的问题。

二、建立少数民族自治旗

1.鄂伦春自治旗1951年4月7日，经党中央人民政府政务院批准，建立鄂伦春旗，旗政府驻小二沟（今诺敏镇），隶属呼伦贝尔纳文慕仁盟。将鄂伦春民族人口聚居的喜桂图旗的托扎敏和莫力达瓦旗的甘奎、诺敏、多布尔等4个苏木划为鄂伦春旗的行政区域。同年10月30日，在小二沟召开鄂伦春旗人民代表大会，选举产生旗人民政府旗长及组成人员。1952年5月31日，政务院内务部批准，将鄂伦春旗改建为鄂伦春自治旗，将鄂伦春旗人民政府改为鄂伦春自治旗人民政府（旗长）。1964年8月10日，经中共中央、国务院批准，大兴安岭特区人民政府成立，隶属黑龙江省。10月，鄂伦春自治旗境内的加格达镇成为大兴安岭特区政府驻地，加格达镇区域仍属鄂伦春自治旗的区域。

2.鄂温克族自治旗1957年3月8日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站党委根据索伦、通古斯、雅库特民族的意愿，恢复鄂温克族名称，并实行民族区域自治。1958年5月29日，国务院批准，撤销索伦旗，设立鄂温克族自治旗，以原索伦旗的区域为鄂温克族自治旗的行政区域。同年8月1日，鄂温克族自治旗人民委员会（旗长）正式成立，驻南屯。

3.莫力达瓦达斡尔族自治旗1958年8月1日，国务院批准，撤销莫力达瓦旗，设立莫力达瓦达斡尔族自治旗，以原莫力达瓦旗的区域为莫力达瓦达斡尔族自治旗的行政区域。同年8月15日，莫力达瓦达斡尔族自治旗人民委员会（旗长）正式成立，驻尼尔基镇。

1966年12月12日，第一届全国人民代表大会常务委员会第135次会议，分别批准《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站鄂温克族自治旗人民代表大会和人民委员会组织条例》、《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站莫力达瓦达斡尔族自治旗人民代表大会和人民委员会组织条例》，并予以公布实施。

三、撤并、新建旗县建制

1949年9月29日，公布《中国人民政治协商会议共同纲领》之后，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站各旗县逐步实行由各族各界人民代表大会议代行人民代表大会的职权，选举产生各旗县人民政府旗长、副旗长、县长、副县长及其委员会成员。

1950年1月23日，设置喜桂图旗，以牙克石街、索伦旗的扎罗木得区、免渡河及布特哈旗的博克图努图克为其行政区域，旗人民政府驻牙克石，隶属呼伦贝尔纳文慕仁盟。同年4月7日，将东公旗、中公旗、西公旗分别恢复为乌拉特后旗、乌拉特中旗、乌拉特前旗。1952年5月6日，将龙胜县更名卓资县（驻卓资山）。同年6月6日，撤销锡林郭勒盟中部联合旗，其区域并入西部联合旗。同时，撤销科尔沁右翼后旗，其区域分别划归科尔沁右翼前旗和扎赉特旗。7月，撤销乌拉特中旗、乌拉特后旗，设置乌拉特中后联合旗（1970年10月3日，分置潮格旗；1981年8月21日，乌拉特中后联合旗更名乌拉特中旗，潮格旗更名乌拉特后旗）。1952年10月11日，达尔罕旗与茂明安旗合并组建达尔罕茂明安联合旗（驻百灵庙）。

1955年11月11日，发布《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站各级人民代表大会和各级人民委员会组织条例》，规定各旗县人民代表大会是权力机关，大会选举产生旗县人民委员会旗长、副旗长、县长、副县长及其委员会组成人员。旗县人民委员会是行政机关。

1956年6月14日，撤销锡林郭勒盟东部联合旗，分别恢复东乌珠穆沁旗（驻喇嘛库伦庙）、西乌珠穆沁旗（驻王盖庙）。同时，将锡林郭勒盟西部联合旗更名阿巴嘎旗（驻罕布音庙）。9月11日，将商都镶黄联合旗更名商都镶黄旗（驻新宝力格）；将正白镶白联合旗更名正镶白旗（驻察汗淖尔）；撤销明安太右联合旗，其区域分别并入正镶白旗和正蓝旗。

1957年10月1日，撤销集宁县，其区域分别划归集宁市、察哈尔右翼前旗、察哈尔右翼后旗和兴和县。1958年7月5日，撤销达拉特后旗，其区域并入五原县。1959年1月20日，撤销伊克昭盟的札萨克旗、郡王旗，设置伊金霍洛旗，以原札萨克旗、郡王旗的区域为伊金霍洛旗的行政区域（开始驻新街，1965年移驻阿勒腾席热）。1960年9月13日，撤销化德县，其区域并入镶黄旗（1967的4月13日，恢复化德县）。

1961年4月22日，撤销阿拉善旗，分设阿拉善左旗（驻巴音浩特）、阿拉善右旗（驻雅布赖，1965年移驻额肯呼都格）。1962年10月20日，恢复突泉县（1960年7月17日曾撤销突泉县）。1963年10月23日，设置阿巴哈纳尔旗（驻锡林浩特镇），析阿巴嘎旗和西乌珠穆沁旗各一部分区域为其行政区域。1965年3月27日，撤销土默特旗建制，分设土默特左旗（驻察素齐镇）、土默特右旗（驻萨拉齐镇）。1966年1月18日，撤销额尔古纳旗，分设额尔古纳左旗（驻根河）、额尔古纳右旗（驻三河）。

1966年5月16日以后，在“文化大革命”中，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站各旗县都先后成立革命委员会，取代旗县人民代表大会和人民委员会机关，实行领导干部、军队代表和群众组织头头“三结合”的制度。

1979年7月4日，中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会委员长令，公布中华人民共和国第五届全国人民代表大会第二次会议于1979年7月1日通过了修正的《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》。规定：“县、自治县”设立人民代表大会和人民政府；县级人民代表大会设立常务委员会；“县、自治县的人民代表大会代表由选民直接选举”等。同年11月9日，中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站革命委员会发出《关于直接选举工作有关问题的通知》，在全区开展了旗县直接选举工作（截至1981年11月底，99个旗县级单位，除1个旗外，都召开了人民代表大会，选举出旗县人民代表大会常务委员会和人民政府。各旗县人民代表大会常务委员会主任、副主任和委员，蒙古族和其他少数民族平均占44.28%；人民政府旗长、副旗长、县长、副县长等领导成员，蒙古族和其他少数民族干部平均占50.38%）。各旗县人民代表大会常务委员会和人民政府取代了革命委员会。

1980年8月12日，将伊克昭盟鄂托克旗南部地区划出，设置鄂托克前旗，旗人民政府驻敖勒召其。1981年12月，自治区人民政府决定，阿巴哈纳尔旗更名阿巴嘎纳尔旗。注：1991年12月29日，自治区人民政府转发国务院关于进一步贯彻实施《中华人民共和国民族区域自治法》若干问题的通知；1992年7月20日，自治区党委宣传部发出《关于组织全区各级干部学习〈中国共产党处理国内民族问题的基本观点和政策学习纲要〉的通知》；自治区党委、政府下发《中共内蒙古自治区委党史和地方志研究室网站旗县机构改革方案》。这些政策精神的贯彻执行，使自治区旗县行政区域建制的建设，更加适应全区改革开放、社会主义现代化建设发展形势的需要。