2001年4月，新城区对农区三乡进行新的划分，将毫沁营乡改称毫沁营镇；撤销小井乡划归保合少乡管辖。自此，新城区形成辖有城区7个街道办事处，农区为一乡一镇的新行政组织格局。2002年，新城区政府迁到呼伦北路，成吉思汗大街9号。2003年，新城区将1乡1镇7个街道办事处的村委会调整为30个，社区居委会调整为60个。

2013年，新城区设1镇、8个街道办事处，24个村民委员会、48个社区居委会。8街道办事处、1镇分别为：海拉尔东路街道、锡林路街道、中山东路街道、东街街道、西街街道、东风路街道、迎新路街道、成吉思汗大街街道、保合少镇。