明初，今巴彦淖尔市境阴山以南属宁夏卫，隶陕西统领；今乌拉特前、中、后三旗地为东胜卫辖境，属山西统领。明天顺六年（1462）以后，蒙古毛里孩、满鲁、火筛等部先后进入河套地区。明嘉靖年间（1522）以后，衮弼里克图墨尔根击败火筛部，河套以东及阴山前后为阿勒坦汗子孙所分据。
 

清顺治五年（1648），编乌拉特部及其驻牧地“河套北阴山狼山乌拉山之间”地区为乌拉特前旗、乌拉特中旗、乌拉特后旗，三旗均为札萨克旗（所辖区域相当于今乌拉特三旗和五原、固阳、临河及杭锦后等四旗县市的各一部分地区），隶乌兰察布盟（今乌兰察布市）；顺治六年、七年（1649、1650），将乌加河以南后套地区，分别编属鄂尔多斯右翼后旗（俗称杭锦旗）和鄂尔多斯左翼后旗（俗称达拉特旗）辖地，属伊克昭盟（今鄂尔多斯市）。

清康熙三十六年（1697），将今磴口县地区编属阿拉善和硕特旗辖地。清乾隆四年（1739），将阴山以南后套地区划归山西萨拉齐厅遥领。清光绪二十九年（1903），设置五原厅统领后套地区，隶山西归绥道。