巴格毛都公路口岸位于巴彦淖尔市乌拉特后旗乌力吉苏木境内，中蒙边境679号界标附近，地理坐标为东经106°14′30"，北纬42°06′42"，与蒙古国南戈壁省巴彦敖包县、脑木更县接壤。巴格毛都公路口岸与蒙古国布敦毛都口岸相对应。

巴格毛都公路口岸地势平坦，植被茂密，水资源充足，有等级公路和程控电话相通，发展边境小额贸易的自然条件优越。口岸所在的乌拉特后旗位于巴彦淖尔市西北部，西与阿拉善盟阿拉善左旗相连，南与巴彦淖尔市杭锦后旗、磴口县毗邻，东与巴彦淖尔市乌拉特中旗相接，北与蒙古国接壤。全旗总面积2.5万平方公里，国境线长195公里。

巴格毛都公路口岸历史上曾是中蒙边民贸易的重要通道口之一，在蒙古国有一定的知名度。1993年，自治区人民政府批准巴格毛都为二类口岸，由于地方财力困难，一直未能开放。2000年，整顿二类口岸时定为暂时关闭口岸，明确待条件成熟后，可重新申请开放。